نشأت فكرة إنشاء المعهد القومى للأورام فى الخمسينيات، وتحولت إلى واقع على يد الدكتور لطفى أبوالنصر، مؤسس المعهد وأول عميد له، وخلفه عمادة المعهد الدكتور إسماعيل السباعى، الذى أدخل الجراحات الجذرية، لعلاج الأورام السرطانية إلى المعهد، وقام بتدريب العديد من الجراحين المصريين على جراحات الأورام، وأثمرت جهوده عن اعتراف جامعة القاهرة بطب الأورام كتخصص مستقل.
بنى المعهد القومى للأورام فى الستينيات، وبدأ عمله سنة 1969 بسعة 270 سريرا، وقد تكلف بناؤه وتجهيزه مليون جنيه مصرى فقط، وكانت نفقات تشغيله فى السنة التى افتتح فيها 83 ألف جنيه. وكان يعمل به عند إنشائه 40 طبيبا و150 من التمريض والعاملين بالخدمات الطبية المعاونة، يعملون لخدمة 5700 مريض جديد، و8 آلاف مريض متردد على العيادة الخارجية، حسب إحصائيات العام الأول بعد الافتتاح.
شغل عمادة المعهد عدد من كبار الأطباء بداية من الدكتور أحمد لطفى أبوالنصر، مرورا بالدكتور إسماعيل طه السباعى 1975ــ1979، وصلاح عبدالرحمن شبندر من 1978ــ1983، ومحمود شريف من 1983ــ1987، ومحمد نبيل حامد البقلينى من 1987ــ1995.
يعالج المعهد الآن أكثر من 20 ألف مريض بالسرطان سنويا، 80% منهم لا يدفعون مقابل للعلاج.