فى مدينة الأقصر وبالقرب من معبدها الكبير، بنى أحد المساجد الشهيرة والتى جمعت بين الفن الفرعونى والحضارة الرومانية والعمارة الإسلامى، ليكون أحد معالم المدينة العامرة بثلث آثار العالم، إنه مسجد الشيخ الصوفى أبوالحجاج الأقصرى، يوسف بن عبدالرحيم بن يوسف بن عيسى الزاهد، والذى يعود نسبه إلى على زين العابدين بن أبى عبدالله الحسين بن على بن أبى طالب.
يرجع تاريخ إنشاء المسجد إلى العصر الأيوبى؛ إذ بنى عام 1286 ميلاديا، وهو مشيد على الجانب الشمالى الشرقى من معبدالأقصر. ويشبه فى شكله المعمارى المساجد الفاطمية القديمة، وهو عبارة عن مساحة صغيرة مربعة، مغطاة بسقف خشبى، ويبلغ ارتفاع مدخله 12 مترا، ويخلو من الزخارف الهندسية والنباتية واللوحات الخطية المعروفة فى العمارة الإسلامية، ويعلو المسجد شريط من الشرفات المبنية بالطوب الأحمر.
تعلو المسجد مئذنة مبنية بالطوب اللبن، تشبه مآذن الصعيد القديمة ذات الطراز الفاطمى، وهى من أقدم مكونات المسجد الحالية، إذ تعود إلى عصر أبى الحجاج نفسه، وتتكون من ثلاثة طوابق الأولى مربعة الشكل، والثانية والثالثة أسطوانيتان، وفى أعلاها مجموعة من النوافذ والفتحات، والجزء السفلى المربع مقوى بأعمدة خشبية.
جدد المسجد وتم توسعته فى القرن التاسع عشر الميلادى، وتم ترميمه أوائل القرن العشرين، وخلال النصف الأول من القرن نفسه أنشئ مسجد جديد على الطراز ذاته بجوار المسجد القديم، وأضيفت له مئذنة أخرى فى فترة لاحقة، ولم يعتبرها الأثريون شاذة عن الشكل الجمالى للمبنى، حيث روعى فيها الطابع المعمارى للمكان.
وتعد القبة التى تغطى الضريح من أهم محتويات المسجد، وهى مكونة من قاعدة غير منتظمة الأبعاد، وتدرج حتى تصل إلى الشكل الدائرى للقبة.
وفى سنة 2009 انتهت أعمال ترميم فى المسجد استغرقت عامين تحت إشراف المجلس الأعلى للآثار، بتكلفة بلغت سبعة ملايين جنيه، وشملت العمارة الجديدة توسعة ساحة الصلاة وتدعيم القبة، وتغيير الأسقف، بعد أن تعرض لحريق فى يونيو 2007، وأثناء ذلك الترميم كُشف عن جدران المعبد التى كانت مطلية بدهانات تغطى معالم الأثر، وعند إزالتها ظهرت أعمدة وأعتاب عليها كتابات مصرية قديمة ترجع إلى عصر رمسيس الثانى.