وعلى مدار جلسات التحقيق معه والتي انتهت بإحالته للمحاكمة، أصر جنينة على نفي جميع الاتهامات الموجهة له، وأبدى غضبه بسبب سؤاله عن بعض الوقائع والعلاقات لخروجها عن نطاق القضية، وأكد أن التصريح المنسوب له كان كاذباً وغير دقيق لاقتصاره على عام واحد من 4 أعوام هي قوام الدراسة.

- وظيفتي كرئيس للجهاز المركزي للمحاسبات تقتصر على رفع تقارير تعدها إدارات الجهاز المختصة كل حسب اختصاصه الرقابي إلى الجهات المعنية محل الرقابة وأيضا إعداد الدراسات التي يكلف بها الجهاز، وليس لي دور فني أو رقابي على الفنيين المختصين بإعداد التقارير وكل دوري يقتصر على رفع هذه التقارير للجهات المعنية.

ورداً على سؤال حول حقيقة التصريح الوارد على لسانه بجريدة اليوم السابع قال: هذا خبر كاذب وغير صحيح وما حدث إنه كان هناك افتتاح لفرع للبنك الأهلي داخل مقر الجهاز، وكان يشارك في الاحتفالية رئيس مجلس إدارة البنك، وكانت هناك تغطية صحفية للحدث وحضرت صحفيتان إحداهما من روزاليوسف والأخرى من اليوم السابع، وطلبتا إجراء حوار صحفي معي للوقوف على حقيقة خبر نما إلى علمهما بأن هناك دراسة أعدت عن تحليل تكلفة الفساد، فقلت لهما إن هناك دراسة أعدت بالاشتراك مع وزارة التخطيط عن تحليل تكلفة الفساد خلال الفترة من 2012 إلى 2015 فطلبتا تفاصيل هذه الدراسة فقلت لهما غير مسموح بنشر الدراسة فضلا عن أنها ليست أمامي، وأضفت أن الدراسة شملت الفترة من 2012:2015 وأن الأرقام ليست حاضرة أمامي لكنها تتجاوز مبلغ 600 مليار جنيه.

- لا يجوز لأعضاء الجهاز المركزي للمحاسبات نشر ما يتحصلون عليه من المستندات من الجهات محل رقابتهم ولكن النشر المتبع والجائز وما استقر عليه العمل هو نشر الموضوعات التي يتناولها الجهاز دون الدخول في تفاصيل.
وردا على سؤال المحقق بما إذا كان لديه سند لذلك رغم تعارضه مع قانون الجهاز المركزي للمحاسبات قال: استنادا إلى المواثيق الدولية التي تؤكد ضرورة الإفصاح بشفافية عن عمل الأجهزة الرقابية وهي اتفاقيات وقعت عليها مصر وتسمو على القانون المحلي.

- أصدرت بياناً رسمياً من الجهاز بلغ لوكالة أنباء الشرق الأوسط لتصحيح ما نشر خطأ بجريدة اليوم السابع رغم تزامن هذا التصريح مع تغطية جريدة روزاليوسف بنفس اليوم.

وردا على ما قاله أعضاء الجهاز بأنه غير مختص بتحديد حجم الفساد، قال. هذا كلام غير دقيق لأنه لو كان الجهاز غير معني بهذا ما كان لوزارة التخطيط المشاركة في هذه الدراسة.

وفي المحضر الرابع الذي سئل فيه جنينة عن سبيل الاستدلال رفض جنينة الإجابة على أسئلة المحقق استنادا الى انه سبق وذكر كل ما يعرفه عن القضية.

وفي محضر التحقيق الخامس نسبت النيابة إلى جنينة اتهام إذاعة أخبار وبيانات كاذبة من شانها تكدير الأمن العام وإلحاق الضرر بالمصلحة العامة، وكذلك نشر بسوء قصد أخبار وبيانات كاذبة من شانها تكدير السلم العام وإلحاق الضرر بالمصلحة العامة، فأجاب:

- تاريخي القضائي لا يجعلني أسلك مسلكاً يضعني تحت طائلة القانون، وأنا أعلم حدود اختصاصتي الوظيفية وصلاحياتي القانونية من خلال عملي بالجهاز المركزي للمحاسبات، وبالتالي فإن هذا الاتهام لا يقوم على دليل سوى أقوال المبلغين الذين لا صفة لهم ولا مصلحة سوى التشهير بي ووراءهم أجهزة في الدولة.

- هناك خصومة بيني وبين المستشار تامر الفرجاني المحامي العام الاول لنيابات أمن الدولة العليا فيما قررت به في فبراير 2014 في البلاغ 10499 عرائض مكتب النائب من خلال تصريحاتي التي أدليت بها لجريدة التحرير بشان ما ورد بتقرير الجهاز المركزي للمحاسبات بوجود اتهامات ومخالفات في التقرير بتخصيص أراض بالحزام الأخضر في مدينة أكتوبر حصل عليها بعض قيادات النيابة العامة في ذلك الوقت ومن بينهما اثنان من النواب العموم السابقين ورئيس لمحكمة الجنايات أمن الدولة دائرة إرهاب ورئيس لنادي قضاة مصر حاليا ووزير سابق بعيد أعيد بعد ترك منصبه لتولي إحدى الدوائر بمحكمة النقض بالمخالفة للقواعد التي وضعها مجلس القضاء الأعلى.

- أرفض توجيه اتهامات لي من شأنها المساس بالمصالح العليا للبلاد أو بث شائعات مغرضة أو كاذبة لأن تاريخي القضائي وبالجهاز المركزي لم يعهد منه أحد عليّ بأي ملاحظة أو مخالفة، وأنا أكثر الأشخاص حرصا على المصالح العليا للبلاد.

وردا على سؤال المحقق بما ثبت بالتحقيقات بأنه طلب من اللجنة تغيير الفترة المتعلقة بالدارسة من 2008 إلى 2012 الى فترة جديدة تشمل من 2012:2015، أجاب: "بالفعل عندما جاءت الدراسة التي أعدتها وزارة التخطيط ارتأى المكتب الفتي لرئيس الجهاز انه لا يجوز أن ترفع لرئيس الجمهورية دراسة عن أعوام سابقة تعطيه ارقام وتحليلات مالية قد يكون طرأ عليها تعديل بعد عام 2012"، وأضاف: قانون الجهاز المركزي للمحاسبات كان ينص في السابق على عدم إعلان تقارير الجهاز، ورغم ذلك كانت تتداول تقارير الجهاز من خلال تقارير صحفية وإعلامية رغم وجود هذا النص القانوني، لكن بعد دستور 2014 نصت المادة 217 منه على أن نشر تقارير الجهاز للرأي العام فمفاده إلغاء هذا النص في قانون الجهاز، لأن الدستور يعلو على القانون.

ورداً على ما قاله وكيل الجهاز محمد حسين صلاح بأنه أحاطه بأن الدراسة لا يجوز استخلاص أي نتائج أو أرقام منها، قال: أي دراسة أو تقرير يعد وفقا للآليات المتبعة بالجهاز دون أي تدخل من رئيس الجهاز أو رئيس المكتب الفني دون استخلاص أي أرقام أو بيانات أو تعديلها.

- تعريف الجهاز المركزي والعاملين به للفساد وفقاً لما درج عليه العمل والسوابق لا يقتصر على الجرائم العمدية فقط لأن هنا التباس في مفهوم الفساد بين القانونين والمحاسبين، فالقانوني يرى أن الفساد يقتصر على الجرائم العمدية وأما ما درج عليه العمل داخل الجهاز قبل رئاستي هو أن مفهوم الفساد يتطرق إلى كافة صور الاعتداء على المال العام حتى لو كان ذلك مرجعه إلى تشريعات أو قرارات تضفي حماية قانونية على ذلك التصرف وتجعله بمنأى عن الجريمة العمدية.

- أنا رجل قانون وأعلم جيدا أن مصطلح الفساد القانوني يعني الاتهام بجرائم عمدية في المفهوم القانوني، وأنا لست سلطة اتهام، ولكني كنت اقصد من تصريحي بأنه إهدار للمال العام أو مساس به.

- لم يكن هناك سوء قصد من التصريح الخاص بالفساد لأنه يستند إلى بيانات واقعية من خلال التقارير الصادرة عن الجهاز في الفترة من 2012:2015 وهناك العديد من التصريحات التي سبق وأدليت بها أثناء تولي منصب رئيس الجهاز، وهذا شيء طبيعي بحكم أن الجهاز ورئيسه مسئول عن إتاحة المعلومات بما يدخل في إطار الإفصاح والشفافية المطلوبين وفق للدستور والقانون والاتفاقيات الدولية ولا يمكن أن يكون عن قصد أو سوء نية لإضعاف مركز البلاد الاقتصادي المالي أو الاستثماري، خاصة وأن الجهاز جزء من الدولة ومؤسساتها ولا يعمل إلا لصالح الدولة وحرصا على اداء دورها الرقابي وتعزيز ا لتوجه الدولة لمحاربة الفساد.
- رئيس الجمهورية طالبنا في لقاء جمع كل ممثلي الأجهزة الرقابية في مصر بضرورة كشف الفساد ومرتكبيه والتعاون من أجل هذا الغرض وإتاحة المعلومات للشعب بما لا يخرج عن نطاق الأمن القومي وهو ما قمنا به تنفيذاً لتوجيهات الرئيس الذي شدد في اكثر من مناسبة على مطالبة الأجهزة الرقابية بمحاربة الفساد وكشفه.

وردا على ما قالته زينب محمود عبد الغني مستشار بالجهاز المركزي للمحاسبات وعضو باللجنة المشكلة لإعداد الدراسة بعدم اختصاص الجهاز بتحديد الفساد في تقاريره والدراسات التي يعدها، قال: هذا الكلام غير دقيق بل إن الجهاز مثل باقي الأجهزة الرقابية يكشف الفساد في الدولة وإلا لما كان قد تم ضم الجهاز للجنة العليا لمكافحة الفساد التي يترأسها رئيس مجلس الوزراء، وأنا ألتمس لها العذر لأن هذا الكلام خارج نطاق عملها.
ورداً على ما قالته نفس الشاهدة من أنه تم إخراج الدراسة دون مراجعة أعضاء اللجنة أو مناقشتهم قال: "هذا كلام غير مقبول لان هذا يترتب عليه مسئولية على الجميع وأعضاء اللجنة والمكتب الفني ذاته الذين فحصوا هذه الدراسة".

وأضاف: كنت لا أحسب أن هذا التصريح سوف يلاقى بهذا التضخيم المتعمد من بعض الجهات والأجهزة، وأرى أن ذلك مقصود به الإطاحة بي وإعفائي من منصبي، وهذا التصريح استغل ووظف سياسيا، وهناك سوء نية مبيتة لان هناك مسئولين بالدولة ذكروا أرقاماً تزيد عن هذا الرقم بكثير ولم تحدث هذه الضجة حول تصريحاتهم.

ورداً على ما ذكرته تحريات الرقابة الإدارية من أن جنينة انتقى بعض أعضاء الجهاز المتعاطفين مع جماعة الإخوان لوضعهم في لجان الفحص المشكلة بناء على طلب النيابة العامة وجهاز الكسب غير المشروع، ومنهم عصام محمد عبدالعزيز وحسام حمد قطب، قال جنينة:
- هذا كلام لا أساس له من الصحة، وأرى أن ما جاء في التحريات بشأن هذين العضوين سببه ما جاء في تقاريرهما عن فحص هيئة المجتمعات العمرانية من حصول رؤساء سابقين لهيئة الرقابة الإدارية على أراضي بالمخالفة للقانون وبما يشكل اعتداء على المال العام، وهو ما أثار حفيظة العاملين بالهيئة.

- ورداً على علاقته بالنظام الحاكم في عهد جماعة الإخوان، قال: "حكم الإخوان انتهى في 30 يونيو 2013، وكان الجهاز قد فحص جميع أعمال الرئاسة في فترة الرئيس الأسبق محمد مرسي، وأعد تقريراً بشأنها أحيل بسببه رئيس ديوان رئيس الجمهورية الأسبق السفير رفاعة الطهطاوي إلى محكمة الجنايات وأدين وحكم عليه بعقوبة ينفذها الآن، فضلاً عن المخالفات التي رصدها التقرير بشأن راتب مرسي، وترتب عليه أن أوصى الجهاز بتعديل قانون راتب رئيس الجمهورية، فتم ذلك عام 2014.