اعترض الأزهر على مادة تفسير مبادئ الشريعة واعتبر أنها لا لزوم لها، مؤكدا أن المادة الثانية على وضعها القائم فى الدساتير السابقة كاف جدا، فيما خرجت المسودة الأخيرة للدستور لا ترضى الكنيسة لأنها تحوى بعض المواد المتشددة، ذلك هو موقف الكنيسة من الدستور الجديد، التى هددت بعده بالانسحاب من اللجنة التأسيسية.
عبارة «بما لا يخالف الشريعة الإسلامية» التى تختتم بها بعض المواد، أثارت غضب وخوف الاقباط من التشدد باسم الشريعة الاسلامية التى نصت على مبادئها المادة الثانية من الدستور بشكل واضح.