أسس أنطونيوس مناكيس، يوناني وُلد في مصر، متحفًا إسلاميًا بموطنه اليونان، حيث عاد مناكيس من مصر عام 1926 مُحملاً بعدد كبير من الكنوز العربية والإسلامية.
ومن أهم تلك الكنوز «باب خشبي يرجع لحضارة بلاد الرافدين بالعراق من القرن الثامن» و«قطعة نحاسية صفراء تحمل توقيع إسماعيل الموصلي ترجع لعام 1200 ميلادية» و«قطع برونزية لأحمد بن سراج يرجع تاريخها لعام 1328.
وقالت مينا مورايتو، مدير المتحف الإسلامى باليونان: "إن الفن الإسلامي أثر بشكل كبير فى اليونان والعكس صحيح، وهناك مرحلة من التبادل بين الثقافتين اليونانية والمصرية وظهر ذلك بوضوح فى عصر الخلافة العثمانية."
كما احتوى المتحف على نصيب كبير من هندسة الديكور المصرية، التي ترجع لعصر المماليك، ويؤرخ المتحف لمرحلة الفن العربي الإسلامي، بداية من عصر الدولة الأموية ثم العباسية ثم تمددها جغرافيًا للهند والصين وإيران وشمال إفريقيا والأندلس.