اتهمت لجنة تقصي حقائق 30 يونيو جماعة الإخوان المسلمين بوقوفها وراء أحداث عنف الجامعات خلال العام الدراسي الذي تلا إعلان خارطة الطريق في 3 يوليو من العام قبل الفائت، مشيرة إلى أن المظاهرات كانت غير سلمية والعنف كان ممنهجا ويحركه ويموله جماعة الإخوان والتيار المناصر لها، وفقا للتقرير الذي أعلنته اللجنة في مؤتمر صحفي عالمي.
وعرض التقرير نتائج أحداث العنف في ثلاث جامعات كبرى هي القاهرة وعين شمس والأزهر، حيث أسفرت الأحداث بجامعة القاهرة عن وفاة 7 طلاب، بخلاف المصابين ومعظمهم لا يذهب للمستشفيات الحكومية خوفا من الملاحقة الأمنية، وإلقاء القبض على 178 طالبا وفصل 92 طالبا.
وأسفرت الأحداث في جامعة عين شمس عن وفاة طالبين، بخلاف المصابين، وضبط 59 طالباً أثاروا شغبا بالمدينة الجامعية، وتمت إحالتهم لجهات التحقيق، فضلا عن 34 طالبا ارتكبوا عنفا في الحرم الجامعي وجرى فصل بعضهم نهائياً، والبعض الآخر مؤقتاً، وضبط 4 من أعضاء هيئـة التدريس وموظف في ارتكاب أعمال عنف، وتمت إحالتـهم لجهات التحقيق.
وأسفرت الأحداث في جامعة الأزهر عن الاعتداء على بعض أعضاء هيئة التدريس، ووفاة 6 طلاب بخلاف المصابين، وفصل 131 طالبا لارتكابهم أعمال عنف، وإتلاف عدد من منشآت الجامعة، وتوقيع عقوبات تأديبية على 29 عضو هيئة تدريس.
وفي جانب الشرطة أسفرت أحداث عنف الجامعة عن قتل 4 (ضابط وثلاثة جنود) وإصابة 118 من رجالها وذلك حتى نهاية مايو 2014.
وخلصت اللجنة إلى تعديل قانون (التظاهر) ليكون لإدارة الجامعة دور في الموافقة عليها داخل الحرم الجامعي، وتأمين الشرطة للأسوار الخارجية للجامعة، ووجوب دخولها إلى الحرم الجامعي بعد موافقة رئيس الجامعة لضبط الجرائم التي تخرج عن قدرة الأمن الإداري، وتدريب الأمن الإداري تدريبا راقيا يسمح بأداء المهمة المنوطة به، وتركيب الكاميرات، وتزويدهم بالأجهزة، ومنحهم الضبطية القضائية، وأوصت بعقد جلسات مع الطلاب بدلا من تركهم لأصحاب الأهواء المتطرفة.