فى أعلى ساحة قلعة «صلاح الدين» تخير «محمد على» والى مصر مكانا لبناء مسجد يحمل اسمه، ويكون شاهدا على مدينة القاهرة، ويزاحم مسجد «آيا صوفيا» فى تركيا، من حيث الجمال والفخامة، لذلك جلب من تركيا المهندس «يوسف بوشناق» لوضع تصميم مسجده الذى بنى ما بين 1830 ــ 1884م.
فالمسجد مستطيل الشكل، ويتكون من قسمين، قسم غربى وفيه الصحن المكشوف تحيط به أربعة أروقة ذات عقود ترتكز على عقود من الرخام وتحمل العقود قبابا صغيرة تغطى الأروقة ومزخرفة من الداخل، ويوجد أسفل الصحن خزان ماء عميق، ويتوسطه ميضأة.
ويوجد أعلى الرواق الغربى للصحن المكشوف برج نحاس بداخله ساعة دقاقة أهداه «لوويس فيليب» ملك فرنسا إلى «محمد على» والى مصر.
أما القسم الشرقى فيه بيت الصلاة، وجدار القبلة فيه محراب مجوف مكسو برخام الألبستر، وعلى يساره منبارين أولهما كبير ــ الأصلى ــ صنع من الخشب ومحلى بزخارف نباتية، ويعد من أعلى المنابر فى مصر، أما المنبر الآخر مصنوع من الألبستر.
أما عن المئذنتين الرشيقتين الأسطوانيتين، فارتفاعها 84 مترا عن الأرض، وتوجد فى الجانب الغربى للجامع.