أودع محمد الظواهري، وباقى المتهمين بالقضية المعروفة إعلاميا بـ"خلية الظواهري"، بداخل القفص الزجاجي بمعهد أمناء الشرطة بطرة، تمهيدا لبدء جلسة النطق بالحكم عليه، هو و67 متهمًا أخرين.
وكشفت تحقيقات النيابة العامة، أن المتهمين من «العناصر الإرهابية» شديدة الخطورة، وقاموا بإنشاء وإدارة تنظيم إرهابي يهدف إلى تكفير سلطات الدولة ومواجهتها باستخدام السلاح، لتغيير نظام الحكم بالقوة، والاعتداء على ضباط وأفراد ومنشآت القوات المسلحة والشرطة، واستهداف الأقباط ودور عبادتهم واستحلال أموالهم، وارتكاب أعمال إرهابية بهدف نشر الفوضى في البلاد وتعريض أمن المجتمع للخطر.