اتهمت لجنة تقصى حقائق 30 يونيو جماعة الإخوان المسلمين بشنها هجمات عدوانية على المواطنين المسيحيين وكنائسهم وممتلكاتهم، في الأحداث التي أعقبت عملية فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة 14 أغطسطس من العام 2013، وقالت اللجنة إن أعمال العنف امتدت إلى إحدى وعشرين محافظة وذلك في ضوء الخطاب التحريضي ضد الأقباط، وقد طالت تلك الاعتداءات الكنائس الثلاثة الأرثوذكسية والكاثوليكية والإنجيلية، بحسب تقرير اللجنة.

وحصرت اللجنة أعمال العنف التى طالت الكنائس في تلك الأحداث في حرق 52 كنيسة ومنشأة كنسية كليا وجزئيا، والاعتداء على 12 كنيسة ومنشأة أخرى وسلب ونهب محتوياتها، بالإضافة إلى وقوع حالات من الخطف والاختفاء القسري معظمها بغرض الحصول على فدية.

واستندت اللجنة في تقريرها إلى إحصائيات وزارة الداخلية عن حالات الغياب والاختطاف الطائفي التي تزايدت بعد ثورة 25 يناير 2011 في مختلف المحافظات، وإجمالي الحالات الخاصة بالمسيحيين 140 حالة غياب وخطف، عاد منهم 96 حالة، وبلغت حالات الاعتداء على ممتلكات المسيحيين 402 حالة موزعة على المحافظات المختلفة، وأشدها يقع في محافظة المنيا281 حالة، ووثقت اللجنة 29 حالة قتل في سياق العنف الطائفي.

ووصف تقرير لجنة 30 يونيو أن تلك الجرائم تستهدف إشعال الفتنة الطائفية، وتقويض الوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي، كما تكمن الخطورة في نمط إرتكاب هذه الجرائم الذي بلغ حد التمثيل بالجثث.

وذكرت اللجنة في تقريرها بعض تصريحات المجتمع الكنسي وردود أفعالهم على هذه الأحداث، من بينها تصريحات البابا تواضروس الثاني عن تفهمه أن إحراق وإتلاف المنشآت، واصفا إياه بأنه أمر يمكن تحمله في سبيل إنقاذ الوطن، وأنه على يقين من تعافي الدولة وتلاشي هذه الأوضاع السلبية،

وتحصلت اللجنة على آراء نخبة من الشخصيات العامة والمفكرين، وطرح كل منهم رؤيته لعلاج مشاكل الأقباط، أبرزها: إصدار تشريع لبناء الكنائس امتثالا لدستور 2014 ، والالتزام بتطبيق مبدأ تكافؤ الفرص، ومنع التمييز بكل أشكاله، وتطوير منظومة الوعي التي تشمل الإعلام والتعليم والثقافة العامة فضلاً عن الخطاب الديني وذلك لنبذ خطاب الكراهية والتعصب، وإعادة النظر في نظام المجالس العرفية الحالية ـ التي لا تخل فقط بسيادة القانون وسلطة القضاء فحسب بل بسيادة الدولة ذاتها ـ وحظر أي قرار ينطوي على عقاب جماعي.

كما شملت التصدي للحيل القانونية بالتحول الصوري عن الديانة، ومناشدة القضاء سرعة البت في القضايا الطائفية، ومطالبة الجهات الأمنية بمواجهة زيادة حالات الخطف في بعض المراكز طلباً للفدية.