ظهرت كتائب شهداء الأقصى خلال الانتفاضة الثانية في أوائل القرن الحالي كشبكة فضفاضة من الجماعات العسكرية المرتبطة بحركة بفتح، كبرى الجماعات الفلسطينية.
بدأها إلى حد كبير نشطاء من مخيم بلاطة للاجئين بالقرب من مدينة نابلس. على الرغم من عدم الاعتراف بها رسميا أو دعمها علنا من قبل فتح إلا أن العديد من قادة فتح حافظوا على علاقة غامضة مع الكتائب.
وبعكس الجماعات الإسلامية الفلسطينية، مثل حركتي حماس والجهاد الاسلامي، ذات التوجهات الإسلامية الأصولية، فإن الكتائب تتبنى نهجاً سياسياً فلسطينيا وطنياً اقرب إلى العلمانية.
يرأس الكتائب نظرياً زكريا الزبيدي، ناشط فتح المسجون حاليا في السجون الإسرائيلية.
في مايو 2022 وردت أنباء تقول إن أعضاء كتائب الأقصى في غزة انتخبوا سالم ثابت كقائد عسكري لهم وقد رفض قادة الكتائب في الضفة الغربية هذه الخطوة.
تحول
وفي أغسطس 2001 قُتل زعيم الكتائب وأحد مؤسسيها ياسر بدوي في انفجار سيارة مفخخة وبعد مقتله بدأت المجموعة في مهاجمة المدنيين داخل إسرائيل.
اقتصرت هجمات المجموعة في البداية على الجنود والمستوطنين الإسرائيليين في الضفة الغربية وقطاع غزة لكنها تحولت في عام 2002 إلى الهجمات الانتحارية على المدنيين داخل إسرائيل.
وتصاعدت عمليات الكتائب عام 2002، ففي 17 يناير قتل أحد أعضائها ستة أشخاص وجرح العشرات خلال مناسبة دينية يهودية في بلدة الخضيرة بإسرائيل. أدت موجة من عمليات إطلاق النار والتفجيرات الانتحارية التي نفذتها الكتائب طوال شهر مارس 2002 إلى قيام وزارة الخارجية الأمريكية بإضافة اسمها إلى قائمة المنظمات الإرهابية الأجنبية.
بعد وفاة عرفات في عام 2004 تراجعت علاقة الكتائب مع حركة فتح على الرغم من أن الجماعة لا تزال تعتبر متحالفة مع الحركة على الصعيد السياسي.
تم القبض على معظم قادة الكتائب المؤسسين أو قتلهم من قبل إسرائيل. وشنت السلطة الفلسطينية حملة أمنية ضدها في نابلس وجنين بين عامي 2007-2008.
في عام 2010 توصل نشطاء كتائب الأقصى الباقون إلى اتفاق مع إسرائيل عبر السلطة الفلسطينية يتم بمقتضاه شطب أسمائهم من قائمة المطلوبين من قبل إسرائيل مقابل نبذ العنف وتسليم أسلحتهم للسلطة الفلسطينية. كما تم استيعاب العديد من هؤلاء النشطاء في قوات الأمن التابعة للسلطة الفلسطينية. واحتفظ آخرون بأسلحتهم واستهدفتهم السلطة الفلسطينية.
ومضى آخرون في تشكيل مجموعات منشقة متنوعة مثل: كتائب شهداء الأقصى - نضال العمودي ، وكتائب شهداء الأقصى - جيش العاصفة، وكتائب شهداء الأقصى - أيمن جودة ، و لجان المقاومة الشعبية وجميعها نشطة في غزة.
في أبريل 2016 اشتبكت قوات الأمن التابعة للسلطة الفلسطينية مع أعضاء في كتائب شهداء الأقصى بعد محاولتها حسبما ورد اعتقال مشتبه به في جريمة قتل في البلدة القديمة في نابلس.
بعد بضعة أشهر في أغسطس اعتقلت قوات الأمن التابعة للسلطة الفلسطينية أحمد عزت حلاوة، وهو زعيم محلي في كتائب الأقصى بسبب تورطه المزعوم في مقتل ضابطين من السلطة الفلسطينية خلال اشتباكات في وقت سابق من ذلك الشهر. وبحسب ما ورد تعرض حلاوة للضرب حتى الموت أثناء احتجازه مما أثار احتجاجات محلية.
في مارس 2022 ، قتل ضياء حمارشة المقرب من كتائب الأقصى خمسة إسرائيليين في بلدة بني براك الإسرائيلية. وفي الأسبوع التالي قتل شخص آخر من جنين ينتمي إلى الكتائب يدعى رعد حازم ثلاثة مدنيين إسرائيليين في تل أبيب. ولم تعلن الكتائب عن مسؤوليتها عن توجيه هذه الهجمات.
وتقول الكتائب إنها استمرار لـقوات "العاصفة" و "صقور الفتح" التي تم استيعابها في قوات الأمن التابعة للسلطة الفلسطينية. لكن العديد من أعضائها هم من النشطاء الشباب الذين كانوا جزءًا من "التنظيم" الذي ضم نشطاء فتح على الأرض بقيادة مروان البرغوثي، القيادي الفلسطيني المعتقل في إسرائيل منذ عدة سنوات والذي تزعم إسرائيل أنه كان يقود أيضاً كتائب الأقصى.
خلال الانتفاضة الثانية نفذت كتائب الأقصى العديد من العمليات المسلحة واستهدفت في البداية الجنود والمستوطنين الإسرائيليين في الضفة الغربية وقطاع غزة لكنها تحولت في عام 2002 إلى الهجمات الانتحارية على المدنيين داخل إسرائيل.