أهدى الدكتور مصطفى الفقي مدير مكتبة الإسكندرية، مكتبته الخاصة كاملة إلى المكتبة، وتضم ما يقرب من 10 آلاف من أمهات الكتب والقواميس والموسوعات والمجموعات النادرة، التي جمعها على مدار 60 عامًا.
كما تضم مكتبة الفقي، بعض المقتنيات والوثائق التاريخية، وكتب موقعة من شخصيات في التاريخ المصري الحديث، بينها مخطوطات لأحمد عرابي وإهداءات من مصطفى كامل، وكتب باللغات العربية والإنجليزية والفرنسية.
وتضم أيضا مجموعة من السير والتراجم لشخصيات أثرت التاريخ، جمعها الفقي عبر رحلته الدبلوماسية الكبيرة حول العالم.