ينسب الجامع إلى الشيخ محمد دانيال الموصلى أحد شيوخ المذهب الشافعى وكان قدم إلى مدينة الإسكندرية فى نهاية القرن الثامن الهجرى واتخذ من مدينة الإسكندرية مكانا لتدريس أصول الدين وعلم الفرائض على نهج الشافعية وظل بمدينة الإسكندرية حتى وفاته سنة 810 هـ فدفن بالمسجد وأصبح ضريحه مزارا للناس ويقع جامع النبى دانيال فى الشارع المعروف باسمه.
يعتبر مسجد النبى دانيال من أقدم المساجد التى شيدت فى مدينة الإسكندرية، حيث كانت المدينة عبارة عن صحراء من الرمال يتخللها مزارع خضراء كثيفة وبحيرات شاسعة الاتساع، ولا تحتوى سوى على حيين فقط وهما رأس التين والجمرك.
وللمسجد قبة ضخمة تقوم على 4 مقرنصات ومزودة بعدة فتحات للإضاءة والتهوية مغطاة بالزجاج الملون المعشق، يؤدى إليها بعض العقود المصبة. كما يوجد منور يعلو القبر أو الضريح، محلى بمقرنصات متعددة الحطات تعود إلى القرن السابع عشر الميلادى.
وأغلق المسجد بعد أن حدثت شروخ وتصدعات للمبنى الملاصق له، وذلك بقرار من مديرية الأوقاف بالإسكندرية، خوفا على أرواح المصلين والزائرين للمسجد والضريح.