لا يعتبر المصريون مسجد الإمام الحسين مجرد مكان للعبادة وأداء الصلاة فقط ولكنه يحظى بمكانة فى قلوبهم تجعلهم يرتادونه من كل أنحاء مصر لزيارته والصلاة فيه.
بنى المسجد فى عهد الفاطميين سنة 549 هجرية الموافق لسنة 1154 ميلادية تحت إشراف الوزير الصالح طلائع، ويضم المسجد 3 أبواب مبنية بالرخام الأبيض تطل على خان الخليلى، وبابا آخر بجوار القبة ويعرف بالباب الأخضر.
سمى المسجد بهذا الاسم نظرا لاعتقاد البعض بوجود رأس الإمام الحسين بن على بن أبى طالب حفيد رسول الله صلى الله عليه وسلم مدفونا به، إذ تحكى بعض الروايات أنه مع بداية الحروب الصليبية خاف حاكم مصر الخليفة الفاطمى على الرأس الشريف من الأذى الذى قد يلحق به فى مكانه الأول فى مدينة عسقلان بفلسطين، فأرسل يطلب قدوم الرأس إلى مصر وحمل الرأس الشريف إلى مصر ودفن فى مكانه الحالى وأقيم المسجد عليه.
حى الحسين الذى سمى نسبة إلى مسجد الحسين أحد أشهر أحياء القاهرة القديمة ذات الطابع الشعبى الأثرى، كما أنه من الأحياء السياحية التى تجذب السائحين من جميع أنحاء العالم.