انتقل محمد خليفة لاعب وسط فريق الشباب بصفوف الأهلي إلى نادي لوشيوس البرتغالي في صفقة انتقال حر بعد أن نال إعجاب المسئولين في النادي خلال الفترة الأخيرة.
ولعب خليفة عدة مواسم في قطاع الناشئين بالنادي الأهلي، ثم انضم إلى الزمالك ، لكنه سريعًا ما قرر خوض تجربة الإحتراف عبر بوابة فريق لوشويس.
ووقع اللاعب على عقود انضمامه إلى الفريق البرتغالي مجانًا لعدم ارتباطه بأي عقود.