عرف الأقباط المصريون، من تجربتهم مع الدولة البيزنطية، أن استقلال كنيستهم واستقلال وطنهم، هو الضمان الأساسي لتمتعهم بحرية العبادة.. فعلى الرغم من أن البيزنطيين كانوا مسيحيين، فقد لاقى الأقباط في مصر على أيديهم العذاب والاضطهاد لأنهم كانوا مستعمرين أولا وقبل كل شيء .
يقول ذلك الكاتب الصحفي صلاح عيسى في كتابه "هوامش المقريزي" الذي تنشر الشروق حلقات يومية من الحكايات التي تضمنها الكتاب عن تاريخ مصر المحروسة.
ويضيف عيسى " إلى الآن يذكر الأقباط في صلاتهم الدورية سير الشهداء الذين سالت دماؤهم على يد سلطة تزعم لنفسها الإيمان بالمسيحية، ومع ذلك كان عدد الذين قتلتهم من المسيحيين المصريين يفوق بما لا يقاس من لقوا حتفهم منهم على يد الأباطرة الوثنيين.
ولهذا كله، رفض أقباط مصر دعوة زعماء الحرب الصليبية للاشتراك فيها، أو تقديم أي مساعدة لهم في الاستيلاء على مصر وهو ما كان أحد الأسباب لفشل حملات الصليبيين لغزو مصر.
وغاظ ذلك المستعمرين الأوربيين الذين جاءوا وهم يرفعون رايات الصليب . فأصدروا قانونا يمنع أقباط مصر من زيارة بيت المقدس عندما احتلوها ـ بدعوى أنهم ملحدون.
وعندما دخل الصليبيون دمياط أساءوا إلى الأقباط وطردوا المطران المصرى لكنيستها وعينوا آخر من قبل كنيسة روما، كما أنهم قتلوا كثيرين منهـم.
وفي سنة ١٢٠٤ ميلادياً وفي أيام الملك العادل، عبر «الافرنج» حدود مصر من جهة رشيد وتقدموا إلى "فوة" ، وتحصنوا فيها، وكان فيها أقباط كثيرون ولها أسقف مخصوص، فقتلوا كثيرين وطردوا غيرهم .. وعندما انهزم الصليبيون، ابتهج الأقباط، ولما رأى الملك الكامل منهم ذلك ركن إليهم وقربهم ورفع مقامهم.