سمى مسجد ابن طولون بذلك نسبة إلى مؤسسه أحمد بن طولون ابن أحد المماليك الأتراك الذين أهداهم عامل «بخارى» إلى الخليفة المآمون، وخدم فى البلاط العباسى حتى بلغ مصاف الأمراء وتولى أحمد ابنه حكم مصر. وبنى مسجد أحمد ابن طولون عام 263 هـ. حيث أنفق على بنائه 120 ألف دينار، وكانت مئذنته أقدم مئذنة موجودة فى مصر.
وفى عهد الأيوبيين أصبح جامع ابن طولون جامعة تدرس فيه المذاهب الفقهية الأربعة، وكذلك الحديث والطب إلى جانب تعليم الأيتام.
ويعد جامع أحمد بن طولون هو المسجد الوحيد الباقى فى مصر، الذى لم تتغير معالمه، وقد تغيرت معظم معالم مسجد «عمرو بن العاص»، وكذلك جامع الأزهر الشريف بمرور العصور.
ويبلغ طول الجامع 138 مترا وعرضه 118 مترا تقريبا، ويتميز بزخارفه البديعة ذات الطابع الفنى الجميل، وإلى يومنا يعد مزارا سياحيا لما له من طابع معمارى مميز، كما أنه منبر لأهالى القاهرة ويؤدون فيه صلواتهم خاصة فى شهر رمضان المبارك.